（一）中心建制
地质工程实验中心实行校、院两级管理，教学与日常工作由土木与环境工程学院负责，面向全校开放，并依据学校和学科的特点，开设面向多学科、多专业的实验项目。学校（具体负责实施的单位是资产处）负责提供其正常运转、维修及更新改造经费。地质工程实验中心根据实验教学体系和实验教学内容，下设4 个综合实验室。
（1）基础性综合实验室
基础性综合实验室下设7 个实验室：水力学、水文地质学、岩土工程、水质分析、岩石力学、混凝土、工程CAD。
（2）专业性综合实验室
专业性综合实验室下设9个实验室：铀水文地球化学、地下水动力学、放射性水文地质与工程地质、溶浸工艺、微生物浸矿、土三轴、原子吸收、离子色谱、勘察工程技术方法。
（3）工程训练综合实验室
工程训练综合实验室下设3 个实验室（场）：东华理工大学勘察设计院、地下水流模拟试验场、岩土体原位测试实验场，抚州野外地质工程训练基地，十红滩铀矿产、学、研基地、新疆伊犁512铀矿床产、学、研实习基地和721铀矿床产、学、研实习基地。
（4）研究创新实验室
“东华理工大学勘察设计研究院”创新基地、“十红滩铀矿产、学、研基地、新疆伊犁512铀矿床产、学、研实习基地和721铀矿床产、学、研实习基地”创新基地
（二）管理模式
中心实行主任负责制。中心主任由精通教学基本规律、教学经验丰富的硕士生导师刘金辉教授担任。各实验室实行相关专业教授和学科带头人负责制。
中心主任全面负责地质工程实验中心的实验室建设、管理及实验教学等工作，其职责主要是：主持编写中心的建设规划及实验课程的建设规划；负责中心的队伍建设，负责制定和完善中心的岗位责任制；负责中心教职员工的考核与培训；负责中心经费的管理和使用；负责中心的科研及教研工作；负责中心的精神文明建设。
实验课程负责人主要协助中心主任负责管理某一类型实验课程教学及实验室的建设；
主讲教师负责单项实验的教学管理及建设，负责指导、培训实验任课教师及助教。
（三）资源利用情况
在资源利用上，中心实现了整体优化与资源共享，提高了实验设备的利用率，并向校内外全面开放。每年约2000 名校内外本科生、研究生在本中心进行实验，年均实验人时数达20 余万。