为保障中心的正常运行，建立了严格的管理制度，考评办法，质量保证体系。
（1）中心的最根本任务是开出各层次高质量的地质工程实验课程。为培养一流创新型人才服务，中心的实验设备实现了最大限度地对外开放；
（2）学科带头人负责招聘、培训实验教师、教学改革，严把教学质量关；
（3）实验室主任负责实验室运行、仪器设备管理维护、安全、环保等工作；
（4）中心负责统一协调，督促学科带头人和实验主任履行职责；
（5）按照学校的有关规定，中心负责实验教师和实验人员的年终考核，合格者才能续聘，考评优秀者予以奖励，不合格者通报批评；
（6）中心运行经费来源于常规教学经费，保证了实验教学的正常运行。