为回归教学本位，提高人才培养质量。近年来，水环学院积极申报质量工程项目，截至2018年6月，水环学院获批国家级（教育部）质量工程项目3项，省级质量工程项目14项。
| 水资源与环境工程学院质量工程项目一览表 | |||||
| 序号 | 项目名称 | 质量工程项目类别 | 级别 | 主持人 | 获批时间 |
| 1 | 《水文地球化学》精品课程 | 精品课程 | 省级 | 孙占学 | 2003年1月 |
| 2 | 《水力学》精品课程 | 精品课程 | 省级 | 李金轩 | 2006年1月 |
| 3 | 《专门水文地质学》精品课程 | 精品课程 | 省级 | 刘金辉 | 2006年1月 |
| 4 | 放射性地质国家级实验教学示范中心（含水文地质与工程地质专业） | 实验教学示范中心 | 国家级 （教育部） | 孙占学 | 2007年1月 |
| 5 | 环境工程省级特色专业 | 特色专业 | 省级 | 刘金辉 | 2008年1月 |
| 6 | 水文与水资源工程专业江西省教学团队 | 教学团队 | 省级 | 孙占学 | 2008年1月 |
| 7 | 《水文地质学基础》精品课程 | 精品课程 | 省级 | 张卫民 | 2009年1月 |
| 8 | 水文与水资源工程国家级特色专业建设点 | 特色专业 | 国家级 （教育部） | 孙占学 | 2009年1月 |
| 9 | 江西省核资源与环境重点实验室” 省部共建国家重点实验室培育基地 | 实验教学示范中心 | 国家级 （教育部） | 孙占学 | 2010年1月 |
| 10 | 水处理工程 | 精品课程 | 省级 | 王光辉 | 2011年11月 |
| 11 | 水文与水资源工程专业卓越工程教育试点 | 卓越人才培养计划 | 省级 | 张卫民 | 2012年1月 |
| 12 | “水处理工程” | 精品资源共享课 | 省级 | 王光辉 | 2012年12月 |
| 13 | 环境工程微生物学 | 精品资源共享课 | 省级 | 刘亚洁 | 2013年6月 |
| 14 | 《水文地球化学》精品资源共享课程 | 精品资源共享课 | 省级 | 刘金辉 | 2014年1月 |
| 15 | 《水力学》精品资源共享课程 | 精品资源共享课 | 省级 | 李寻 | 2014年2月 |
| 16 | 《环境工程》综合改革试点专业 | 综合改革试点专业 | 省级 | 王光辉 | 2014年7月 |
| 17 | ”水力学“2014年度江西省高等学校（本科）省级精品资源共享课程 | 精品课程 | 省级 | 李寻 | 2015年1月 |